blog – Digital Biology Lab

Ảnh hưởng của hiện tượng mất phần tử trung hòa trong phân tích hệ protein dựa trên khối phổ với phương pháp thu nhận dữ liệu độc lập

phosphoproteomics

DIA-MS

mass spectrometry

AI

Trong nghiên cứu sinh học phân tử và y học, việc xác định peptide và protein từ mẫu sinh học là bước then chốt để hiểu rõ các quá trình sinh lý và bệnh lý. Đặc biệt, các…

Trần Phúc Khang & Thang V. Pham

Các phương pháp mã hóa phospho-peptide trong mô hình học sâu

phosphoproteomics

DIA-MS

mass spectrometry

AI

Trong bối cảnh trí tuệ nhân tạo ngày càng phổ biến và mạnh mẽ, việc ứng dụng các mô hình này để giải quyết các vấn đề cụ thể trong đời sống và y tế, đặc biệt là nghiên cứu…

Đoàn Văn Phong & Thang V. Pham

Research funding from VNU University of Engineering and Technology approved

news

We are happy to share that we have received a research funding from VNU University of Engineering and Technology. This grant enables us to focus on developing computational…

Phosphorylation site report from a DIA-MS experiment

phosphoproteomics

DIA-MS

msproteomics

sitereport

script

Skowronek et al. 2022 reported a large difference between the performance of Spectronaut and DIA-NN. For DIA-MS-based phosphoproteomics, one of the issues was that it was…

Thang V. Pham & Pham Huy Chau Long

DIA-NN 2.0 and tsv file output

iq

protein quantification

R

script

From version 2.0, DIA-NN stops producing output in the tab-delimited text format (.tsv). It uses the parquet data format. In our experiments, a .parquet file output is about…

A Kruskal-Wallis test is added to ion

ion

R

script

statistics

I’ve added a script to ion to perform a Kruskal-Wallis test for each row in a data matrix (ion$kruskal_test_3g). This statistical test is a non-parametric test and can be…

One command to zip them all

script

To upload timsTOF data to ProteomeXchange, we have to create a single file for each .d data folder. One can zip each folder by right-click and send-to a compressed zipped…

Processing DIA-NN 1.8.1 output

iq

protein quantification

We processed the Bruderer15 dataset (Bruderer et al., MCP 2015) using DIA-NN 1.8.1 (Demichev et al., Nature Methods 2020) with the switch --report-lib-info turned on. The…

Hello world

news